درباره علت نام‌گذاری گناباد، داوری های گوناگونی ابراز شده است. برخی آن را در اصل «گون آباد» مرکب از «گون» ترکی (به معنای‌خورشید) و «آباد» دانسته و نام را وسیله‌ای برای انتساب محل به خورشید دانسته اند. بعضی نیز آن را «گیو آباد» دانسته بر این باورند که گیو، پسر گودرز آن را بنا کرده است. دیگر آراء نیز هر یک نام شهر را به واژه ای منسوب دانسته اند. همانند «کان آباد» که به کان های موجود در منطقه اشاره می کند، و «گون آباد» که به فراوانی گیاه «گون» در محل دلالت دارد. گناباد را در گذشته «جویمند» نیز گفته اند. گناباد پیش از اسلام، گذرگاه درونی فلات ایران و بخش های خاوری آن، محل برخورد میدان جنگ لشگریان ایران و توران بوده است که «جنگ یازده رخ» در آن روی داده است. گناباد از مناطق کهن ایران است و بنای آن را به شاهان هخامنشی نسبت داده اند. این شهر درحدود سال 31 هـ . ق، به دست مسلمانان افتاد. در دوران سلجوقی و خوارزمشاهی آباد و از اعتبار و اهمیت ویژه ای برخوردار بوده است. گناباد در دوره تیموریان نیز اهمیت داشت و بر پایه نوشته نورالدین لطف الله، سرشناس به حافظ ابرو، حاکمان ایالت قهستان در آن می نشستند. در همین دوره است که دومین مسجد دو ایوانی این ناحیه در بجستان ساخته شد. گناباد در اوایل حکومت صفوی، مدت ها محل نبرد بین ایران و اوزبکان بود، با این حال در این دوران، مورد توجه بود و گسترش یافت. بناهایی چون امام زاده سلطان محمد عابد (ع)، کاخک، مسجد جامع گناباد، آب انبار و کاروان‌سراهای شاه عباسی، بیان‌گر این داوری است.
